Trong đó, năm 2019 là 135 trường hợp và năm 2020 là 162 trường hợp. Năm 2021, dịch Covid-19 trên cả nước tiếp tục diễn biến phức tạp, trong khi nhiều doanh nghiệp kinh doanh lành mạnh phải đối mặt không ít khó khăn, tình trạng mua bán hóa đơn trái phép vẫn diễn biến phức tạp, gây thất thoát cho ngân sách nhà nước nhiều tỷ đồng. Điển hình là vụ hơn 10 công ty thực hiện mua bán trái phép hóa đơn giá trị gia tăng (GTGT) với số lượng lớn do Ngô Văn Phát (tức Phát “dầu”), Chủ tịch Hội đồng quản trị Công ty cổ phần Thương mại xăng dầu Phát tại TP Hải Phòng cầm đầu. 

Tháng 9/2020, Công an TP Hải Phòng phối hợp các cơ quan liên quan khởi tố vụ án, khởi tố bị can và thi hành lệnh bắt tạm giam đối với Phát về hành vi “Mua bán trái phép hóa đơn”. Quá trình điều tra, Cơ quan Công an đã phát hiện triệt phá nhóm lập nhiều công ty “ma” để mua bán trái phép hóa đơn GTGT với số lượng lớn do Phát tổ chức, cầm đầu. Số tiền mua bán hóa đơn trái phép trị giá lên đến khoảng 5.000 tỷ đồng. 

Tiếp đó, vào đầu tháng 1/2021, Công an TP Hà Nội phối hợp Cục Thuế TP Hà Nội triệt phá thành công đường dây mua bán trái phép hóa đơn GTGT do Lê Thị Hạnh trú tại quận Hoàng Mai (TP Hà Nội) là chủ cửa hàng bán phụ tùng xe máy đã cấu kết với các đối tượng, sử dụng 28 công ty “ma” để thực hiện. Nhóm đối tượng nêu trên đã mua bán trái phép 48.629 hóa đơn điện tử và hóa đơn giấy, với tổng doanh thu hàng hóa dịch vụ ghi trên hóa đơn bước đầu được xác định là hơn 1.553 tỷ đồng, thuế GTGT là hơn 155,3 tỷ đồng… 

Ngày 30/11/2021, Cơ quan An ninh điều tra Công an tỉnh Lào Cai đã hoàn thành bản kết luận điều tra, chuyển hồ sơ đến Viện Kiểm sát nhân dân tỉnh Lào Cai đề nghị truy tố năm bị can về hành vi mua bán trái phép hóa đơn. Các đối tượng gồm: Bùi Hồng Thiện, Hoàng Thị Khánh Ly, Trần Thị Tuyển, Lương Thị Huế và Trần Thị Duyên (cùng trú tại TP Lào Cai, tỉnh Lào Cai). Theo cáo trạng của Cơ quan An ninh điều tra, từ năm 2010 đến thời điểm bị bắt giữ, Thiện đã thành lập, nhận chuyển nhượng và tham gia điều hành 8 công ty, hợp tác xã và hộ kinh doanh. Ngoài ra, Thiện còn bán hóa đơn trái phép cho một số công ty cần mua hóa đơn, chứng từ để hạch toán, thanh quyết toán và kê khai thuế đầu vào. Số tiền Thiện đã hưởng lợi từ việc mua bán hóa đơn trái phép khoảng 4 tỷ đồng.

Phần lớn đối tượng trong các vụ án mua bán trái phép hóa đơn GTGT đều có chung phương thức là thành lập các công ty “ma”, sau đó mua hóa đơn GTGT của cơ quan thuế và bán ra thị trường. Các đối tượng thuê các đối tượng kém hiểu biết, thậm chí cả người đang mắc bệnh hiểm nghèo làm đại diện pháp luật, mua bán hóa đơn “lòng vòng” để bán cho doanh nghiệp khác làm chứng từ hợp thức hóa đơn đầu vào nhằm khấu trừ thuế, hoặc xin hoàn thuế…
  
Bà Trần Thu Hương, Cục Thuế TP Hà Nội cho biết: Hiện nay, hệ thống đăng ký doanh nghiệp chỉ làm thủ tục thành lập, xác lập về mặt pháp lý sự xuất hiện của một doanh nghiệp, còn các chức năng khác như hướng dẫn người đăng ký kinh doanh, xây dựng hệ thống quản lý thông tin doanh nghiệp, thực hiện kiểm tra doanh nghiệp chưa được thực hiện chặt chẽ. Hệ thống thông tin về doanh nghiệp trên Internet của các cơ quan quản lý nhà nước ở nhiều địa phương đã hoàn thành, tuy nhiên việc cập nhật thông tin chưa kịp thời. Nhiều doanh nghiệp, đặc biệt là các doanh nghiệp nhỏ và vừa còn rất nhiều vướng mắc về hóa đơn điện tử và chưa nhận thấy vai trò quan trọng của hóa đơn điện tử trong môi trường số hiện nay.